Saint-Colomban tire son nom de "Colombanus" un moine évangéliste Irlandais du VI siècle (540-615).
La commune s'est dénommée Saint-Colombin jusqu'au décret du 26 Mai 1972.
Dans la tradition des moines Irlandais, Colombanus entreprend un voyage d'évangélisation qui le conduit à accoster en Armorique en 575 avec douze de ses frères.
Il traverse la Gaule puis s'établit à Luxeuil en 590 où il fonde un monastère.
La reine Brunehaut fit émettre à son encontre un ordre d'exil. Il sera reconduit sous bonne escorte jusqu'à Nantes avec ses frères de la première heure. On l'embarque pour l'Irlande mais les vents contraires provoquent l'échouage de la nef dans l'estuaire de la Loire. La troupe s'échappe, le moine finira sa vie en Italie à Bobbio.
La paroisse de St Colomban a été fondée par les moines de Noirmoutier, ils choisirent ce nom en mémoire du saint qui a inspiré leurs règles de vie.